Το 1430 παραδίδεται το κάστρο των Ιωαννίνων και αρχίζει η περίοδος της Οθωμανοκρατίας. Σε μερικές περιοχές της Ηπείρου, όπως στη Χιμάρα, τα Ζαγόρια και το Σούλι οι Οσμανοί δεν πάτησαν το πόδι τους. Οι Χιμαριώτες πρώτοι αρχίζουν την ρήξη με το νέο δυνάστη υπό την ηγεσία του Κροκόδειλου Κλαδά. Συμμετέχουν στον αγώνα του "πρίγκιπα των Ηπειρωτών", Γεωργίου Καστριώτη. Κατά τα τέλη του 18ου αιώνα διδάσκει στην Ήπειρο ο πατρο-Κοσμάς. Μιλά στους σκλάβους για το “ποθούμενο” και τους αναπτερώνει το ηθικό. Συστήνει σχολεία για την συντήρηση των οποίων διατίθενται εισοδήματα εκκλησιαστικών ιδρυμάτων και ιδιωτών.