Κατά τη διάρκεια του Ελληνο – Ιταλικού πολέμου του 1940, η βόρεια Ήπειρος απελευθερώθηκε για τρίτη φορά μα δεν έγινε καμία προσπάθεια ενσωμάτωσης… Μετά την κατάκτηση της Ελλάδας από τους Γερμανούς, οι Αλβανοί δεν άργησαν να υψώσουν τη σημαία τους σε εδάφη της νότιας Ηπείρου (Φιλιάτες) και να ντυθούν με γερμανικές στολές. Κατά την κατοχή οι βόρειοι Ηπειρώτες δρουν από κοινού με τον υπόλοιπο Ελληνισμό για την αποτίναξη του ζυγού. Εντάσσονται σε ελλαδικές οργανώσεις ή καταφεύγουν στη Μέση Ανατολή. Πολλοί οργανώνονται στις ίδιες τις περιοχές τους μα με πρόσχημα τη χορήγηση Αυτοδιάθεσης μετά το τέλος του πολέμου παγιδεύονται στην ομάδα ενός νέου τύραννου με το όνομα Ενβέρ Χότζα.