Η Ελλάδα εκβιαζόμενη, αποχωρεί από το βόρειο τμήμα της Ηπείρου. Οι Ηπειρώτες επαναστατούν και υπερασπίζονται τις απειλούμενες περιοχές. Κηρύττουν την Αυτονομία και έρχονται σε σύγκρουση με τις Αλβανικές δυνάμεις. Ο Ελληνικός στρατός δεν αργεί και επιστρέφει με εντολή των Μεγάλων Δυνάμεων. Η πολυπόθητη Ένωση μοιάζει να είναι γεγονός μετά τη συμμετοχή των βορείων Ηπειρωτών στη βουλή του 1915. Κατά την διάρκεια του Α' παγκόσμιου πολέμου ο εθνικός διχασμός έβλαψε και τη συνοχή της Ηπείρου. Οι πιστές στην κυβέρνηση των Αθηνών στρατιωτικές μονάδες εγκατέλειψαν σημαντικά κομμάτια της Ηπείρου στους Ιταλούς (1916 – 1920). Το Ηπειρωτικό ζήτημα φαίνεται προς στιγμή να βρίσκει τη λύση του το 1919 με την υπογραφή του συμφώνου Τιτόνι – Βενιζέλου, όταν η Ιταλία αναγνωρίζει τα δίκαια της Ελλάδας νότια του Αυλώνα. Η νέα κατάσταση στην Ελλάδα δεν ευνοεί την προσάρτηση του βόρειου μέρους της Ηπείρου. Η Αλβανία γίνεται δεκτή από την Κοινωνία των Εθνών και υπογράφει δήλωση σεβασμού των μειονοτήτων (1921). Μετά την κατάρρευση του Μικρασιατικού Μετώπου και στην περίφημη δίκη των Έξι, το κατηγορητήριο στην δεύτερη παράγραφο αφορά την Β. Ήπειρο. Κατά τα χρόνια που ακολούθησαν δύο ήταν οι ηγέτες που άφησαν τα αχνάρια τους στην Αλβανία, ο Φαν Νόλη και ο Αχμέτ Ζώγου. Ο πρώτος προσπάθησε να περιορίσει τον Ελληνισμό μέσω της αλβανοποίησης της Ορθόδοξης Εκκλησίας και ο δεύτερος μέσω της αλβανοποίησης της Ελληνικής Εκπαίδευσης. Και οι δύο κατάφεραν ισχυρά πλήγματα από τα οποία δεν έχει συνέλθει ο Ηπειρωτισμός μέχρι σήμερα. Βέβαια, εκείνη την εποχή επιτεύχθηκε και μια σημαντική νίκη που αφορούσε το δικαίωμα να διδάσκονται στην μητρική τους γλώσσα τα χωριά εκείνα που αναγνωρίζονται ως ελληνικά από τα Τίρανα (απόφαση δικαστηρίου της Χάγης)..